Lo más importante es que la dejes tranquila, depués de descartar algún posible problema físico (o sea comprobad que no esté enferma).
Si no se deja coger, no la cojas. Con el tiempo irá acercándose ella. Sientate cerca de donde esté y ponte a leer, o a jugar con su hermano. Finge que no te fijas. Eso hará que esté más tranquila. Además mirarse a los ojos es desafiante para un gato, mientras que desviar la mirada es un signo de paz. De esta forma ella se sentirá más segura y no te percibirá como una amenaza. Mejor que estés quieto por lo mismo (quiero decir sentado). Al final siempre se acercan. Cuando lo haga muévete despacio, o mejor aún no te muevas. Dale cosas que le gusten, invítala a jugar con una caña, símplemente estáte allí leyendo... con mucha paciencia.
Con mis dos primeros gatos he tardado un mes en conseguir que se acercaran con tranquilidad, y más en poder cogerles. A la gata todavía no puedo cogerla siempre (y lleva desde enero en casa). El tercero está muy socializado así que no hay problema. Como tú tienes cachorros es probable que te cueste mucho menos. Antes del mes se me acercaban e incluso se me subían encima, pero no podía cogerles siempre que quisiera.
Fundamental que vea de donde sale la comida. Eso hace mucho con los gatos (y los perros, y los niños...). Seguramente no se acercará mientras se la pones, pero te asociará con el plato lleno, y empezará a acercarse a ti para pedirte la comida.
Intenta que esté en una habitación tranquila, sin muchos ruidos, sin demasiado jaleo. O sea coloca las cosas de los dos en un sitio así. Si quiere salir que lo haga, pero que pueda refugiarse allí si quiere. Con el tiempo empezará a investigar, y como tendrá un refugio, cuando se asuste irá allí y se sentirá mejor. Con el tiempo irá perdiendo el miedo a los ruidos habituales, o tal vez no, pero estará más tranquila. Mejor una habitación tranquila para ellos que tenerles en medio del trajín. Con el tiempo ellos mismos irán a buscaros, pero ahora pueden necesitar tranquilidad.
Acercaros todos los días varias veces, pero con mucha calma. Procurad estar sentados o tumbados. Así no os verá como una amenaza. Al principio dejad que se os acerque ella.
Hay gatos que se acostumbran a los ruidos y otros que no, lo importante es que tengan un sitio donde puedan refugiarse porque así se tranquilizan y pueden sentirse seguros. Con el tiempo es probable que vayan a refugiarse a tu cama (o debajo de ella).